Ubuntu 在安装时，如同大部分 Linux 发行版一样，都会同时安装 GNU 版本的 Java。这个 Java 的实用程度太低，尤其对于开发人员来说，是没有太多用处的。在 Ubuntu 下，安装 SUN Java 是一件很容易的事情。第一步：
sudo apt-get install sun-java6-jdk
安装完毕之后，选择默认 java：
sudo update-alternatives --config java
然后配置环境变量：
sudo vim /etc/environment
在其中添加如下两行：
CLASSPATH=/usr/lib/jvm/java-6-sun/lib
JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
保存退出。

之后安装配置 Eclipse。安装很简单：
sudo apt-get install eclipse
虽 然已经这时新安装的 java 已经成为系统默认的 jvm，但是 Eclipse 并不会用 update-alternative 设置的 jvm  来启动自身，而使用的是以前的 GNU Java。GNU Java 是 1.4.2 的实现，而且在性能上远不如 SUN 的实现。为了让  Eclipse 利用 SUN Java 启动，我们还需要继续配置。首先将 SUN Java 完完全全的设置为系统的默认 JDK：
sudo update-java-alternatives -s java-6-sun
然后编辑 JVM 配置文件：
sudo vim /etc/jvm
将文件中的
/usr/lib/jvm/java-6-sun
这一行填入到配置块的顶部。由于 Eclipse 会忽略 Ubuntu 的通用 Java 设置（貌似一个 bug），我们需要继续编辑 Eclipse 的 java_home 文件：
sudo vim /etc/eclipse/java_home
如同上面一样，将
/usr/lib/jvm/java-6-sun
这一行填入到文件的顶部。

所有的安装配置完成之后，Ubuntu 的 Java 开发平台就基本完备了。
引用地址：http://www.casaby.com/blog/archives/2007/04/ubuntujavaeclipse.html

下面是eclipse的配置信息，

** Date: Tue Apr 24 17:25:54 CST 2007


*** Platform Details:

*** System properties:
eclipse.buildId=M20070212-1330
eclipse.commands=-os
linux
-ws
gtk
-arch
x86
-launcher
/usr/lib/eclipse/eclipse
-name
Eclipse
-showsplash
600
-exitdata
1cd8012
-install
/usr/lib/eclipse
-vm
/usr/lib/jvm/java-6-sun/bin/java
eclipse.ee.install.verify=false
eclipse.product=org.eclipse.sdk.ide
eclipse.startTime=1177406701212
eclipse.vm=/usr/lib/jvm/java-6-sun/bin/java
eclipse.vmargs=-Djava.library.path=/usr/lib/jni
-Dgnu.gcj.precompiled.db.path=/var/lib/gcj-4.1/classmap.db
-Dgnu.gcj.runtime.VMClassLoader.library_control=never
-Dosgi.locking=none
-jar
/usr/lib/eclipse/startup.jar
eof=eof
file.encoding=UTF-8
file.encoding.pkg=sun.io
file.separator=/
gnu.gcj.precompiled.db.path=/var/lib/gcj-4.1/classmap.db
gnu.gcj.runtime.VMClassLoader.library_control=never
java.awt.graphicsenv=sun.awt.X11GraphicsEnvironment
java.awt.printerjob=sun.print.PSPrinterJob
java.class.path=/usr/lib/eclipse/startup.jar
java.class.version=50.0
java.endorsed.dirs=/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.00/jre/lib/endorsed
java.ext.dirs=/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.00/jre/lib/ext:/usr/java/packages/lib/ext
java.home=/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.00/jre
java.io.tmpdir=/tmp
java.library.path=/usr/lib/jni
java.runtime.name=Java(TM) SE Runtime Environment
java.runtime.version=1.6.0-b105
java.specification.name=Java Platform API Specification
java.specification.vendor=Sun Microsystems Inc.
java.specification.version=1.6
java.vendor=Sun Microsystems Inc.
java.vendor.url=http://java.sun.com/
java.vendor.url.bug=http://java.sun.com/cgi-bin/bugreport.cgi
java.version=1.6.0
java.vm.info=mixed mode, sharing
java.vm.name=Java HotSpot(TM) Client VM
java.vm.specification.name=Java Virtual Machine Specification
java.vm.specification.vendor=Sun Microsystems Inc.
java.vm.specification.version=1.0
java.vm.vendor=Sun Microsystems Inc.
java.vm.version=1.6.0-b105
line.separator=